Proveniente da Ilha de Malta, especula-se que tenha sido introduzido na ilha pelos mercadores fenícios 500 anos antes do nascimento de Cristo. Mas, Charles Darwin foi mais longe na avaliação da antiguidade da raça ao afirmar que o Maltês existe desde o ano 6000 a.C.
Em Malta, o Bichon Maltês era venerado pela população que construía túmulos em honra dos seus fiéis companheiros. Publius, governador de Malta na altura, teve um Bichon Maltês chamado Issa para quem encomendou um poema e um retracto. Mas também no Egipto, Grécia e Roma encontramos referências a este cão, o que indica a sua importância nas culturas antigas.
Devido à história e geografia da ilha, Malta não parece ter sido o local de onde esta raça é originária. No centro do Mar Mediterrâneo, Malta era um entreposto comercial importante onde o Maltês acabou por ser introduzido, provavelmente pelos fenícios. Devido ao isolamento da ilha, a raça desenvolveu-se com pouca influência de cães de outras raças.
Existem duas teorias acerca do aparecimento do Bichon Maltês. Uma defende que a raça descende do Terrier Tibetano, viajando do Oriente até à Europa com as tribos nómadas e mais tarde a destreza comercial dos fenícios. Outra teoria é a de que o Bichon Maltês é descendente dos cães tipo Spitz do norte da Europa. Através do comércio terá viajado até ao Sul da Europa e mais uma vez introduzido na ilha de Malta através dos fenícios.
Apesar do isolamento da ilha, a raça sofreu algumas alterações ao longo do tempo. O lado estético foi apurado em detrimento do lado funcional, que terá sido o de caçador de ratos. As várias cores do Bichon Maltês foram reduzidas apenas para o branco e o pêlo foi progressivamente tornado mais longo.
O Bichon Maltês é um cão de companhia que devido ao seu pequeno tamanho passou a ser o cão de colo da elite das sociedades.